Profile

Takuma Nishimaki / 西巻 拓真

Work Experience

  • 2013-2021 AIエンジニア＠SIer
  • 2021-2024 データサイエンティスト＠コンサルティングファーム
  • 2024- フリー

Other Works

  • 2016-2017　「バイオインフォマティクス(Ⅰ・Ⅱ)」Teaching Assistant（応用生物学科）
  • 2021　系統解析Webアプリケーション「P*R*O*P」公開

Academic Background

  • 2007-2011　東京理科大学 理工学部　情報科学科
  • 2011-2013　東京理科大学 理工学研究科　情報科学専攻　大学院修士課程
  • 2015-2019　同　大学院博士課程 [社会人博士]　※単位取得満期退学

Skills

Knowledge

  • データサイエンス
  • 分子系統学

Programming Language

  • Python -Expert
  • R -Intermediate
  • C -Intermediate
  • Javascript -Intermediate

Papers

学術雑誌[査読あり]

  • T.Nishimaki, K.Sato, “An Extension of the Kimura Two-Parameter Model to the Natural Evolutionary Process.” Journal of molecular evolution 87.1 (2019): 60-67. [Paper]
  • T.Nishimaki, K.Sato, “P*R*O*P: a web application to perform phylogenetic analysis considering the effect of gaps.” BMC Bioinformatics 22, 36 (2021). [Paper]

要旨集[査読あり]

  • T.Nishimaki, K.Sato, T.Hara, “On extention of K2P model,” Viva origino vol. 41(Supplement), pp.9, 2013.
  • T.Nishimaki, K.Sato, T.Hara, “Phylogenetic analysis based on a model of sequence evolution including insertions and deletions,” Viva origino vol. 42(Supplement), pp.8, 2014.
  • T.Nishimaki, K.Sato, “The utility of genetic difference considering insertion and deletion,” Genes & Genetic Systems 90(6): 381 -381 2015.

Presentations(English)

口頭発表[査読あり]

  • T.Nishimaki and K.Sato, “An extension of the Kimura two-parameter model for nucleotide sequences containing gaps”, Biotech Asia Pacific Congress 2019, Kyoto, Japan, 2019

ポスター発表[査読あり]

  • T.Nishimaki and K.Sato, “An extension of the Kimura two-parameter model to evolutionary process including insertions and deletions”, QBIC Workshop 2019, Tokyo University of Science, Japan, 2019
  • T.Nishimaki and K.Sato, “Development of a web application for phylogenetic analysis based on genetic difference considering the effect of gaps”, QBIC Workshop 2020, Tokyo University of Science, Japan, 2020

Presentations(Japanese)

口頭発表[査読あり]

  • 西巻拓真, 佐藤圭子, 原利英, “Kimuraの2変数法の拡張”, 第38回生命の起源および進化学会, 福岡, 2013年3月
  • 西巻拓真, 佐藤圭子, 原利英, “塩基の挿入欠失を含む進化モデルに基づく系統解析”, 第39回生命の起源および進化学会, 広島, 2014年3月
  • 西巻拓真, 佐藤圭子, “塩基の挿入欠失を考慮した遺伝的差異の有用性”, 日本遺伝学会第87回大会, 宮城, 2015年9月
  • 西巻拓真, “ギャップサイトを活用した新しい進化距離の尺度”, 生命情報科学若手の会第7回研究会, 山形, 2015年10月

ポスター発表[査読あり]

  • 西巻拓真, 佐藤圭子, “塩基の挿入／欠失を考慮した遺伝的差異”, 日本進化学会第17回大会, 東京, 2015年8月

Contact

takuma.nishimaki [at] gmail.com